少年韦小宝刁钻聪敏,为人口甜舌滑,乃市井之徒。自小随母居住扬州丽春院,韦春花出身青楼女子,与儿子韦小宝相依为命。
韦小宝从此便冒充小桂子在宫中做假太监来服侍海老公公。海老公公用摇骰子来试探韦小宝。海老公叮嘱韦小宝去赌博时要把银子借给打扫上书房的温家哥俩。
海大富断定小玄子背后的师傅就是宫中高人,夜探慈宁宫探虚实,却看到皇太后在教小康熙练武
小康熙看见鳌拜对自己戒心消除,认为是消灭鳌拜好时机,小康熙巧设计谋,不露声色地召集布库房的小太监们来到书房,让鳌拜以为他安于逸乐,不闻朝政,于是寄情摔跤,让这群小太监以戏耍角力为名擒杀鳌拜,韦小宝陪伴在侧,见机行事突袭鳌拜。
韦小宝得到太后赏赐,由宫女蕊初陪同小韦小宝吃蜜饯,小韦小宝乐在其中,对蕊初姐姐别有一番情义,约蕊初夜晚在后花院中一起吃蜜饯。
鳌拜在牢中经常胡言乱语,康熙恐怕鳌之馀党反抗,暗示小宝将鳌拜消灭,当小宝正在暗杀鳌拜之际,巧遇天地会也前来刺杀鳌拜。韦小宝在误打误撞之下,将鳌拜杀死,却被天地会众人捉走。
天地会徐天川神秘失踪,韦小宝被秘密召来拿主意,原来徐天川与沐王府双白因为谁是光复大业的正统而引起争执,导致徐天川伤重垂危,白寒松丧命。天地会认为沐王府为了寻仇而将徐天川捉走。
沐王府带着“大明山海关总兵府字样”的兵器进宫行刺,来诬陷云南平西王吴三桂。
路上,这帮太监的动机却被韦小宝机灵悉破,利用银票逃脱,太后无奈又亲自下手拦截韦小宝,韦小宝利用瑞栋花言巧语讹称已得悉太后秘密逼太后放手。韦小宝中了太后一掌化骨绵掌,回房赶紧把瑞栋的消尸灭迹,以免不测。
韦小宝回宫后将反贼情况汇报给康熙,康熙心中早已有数,命韦小宝将刺客放走,以引出主谋。韦小宝牢中戏弄刘一舟,房中挑逗方怡,让方怡对他痛恨入骨,紧急时韦小宝却装出大丈夫的气魄帮助方怡,让方怡为之感动
方怡感谢韦小宝救出刘一舟。陈近南也抵京探望小宝,沐王府人等为答谢天地会相救与陈近南见面,惜双方各为其主,为太子正统问题再起争执,场面一触即发。
陶红英告诫韦小宝事事要小心,离去。韦小宝发现皇太后并没有死,知道以后很难躲过皇太后的毒手,决定向康熙讲出真相后便离去,于是将出身到入宫及至发现皇太后和海大富的对话一一告诉康熙
韦小宝将得来的四十二章经藏在天地会马棚的棺材里,和方怡、沐剑屏告别后,前往山西五台山找顺治帝。
庄家鬼屋主人庄三少奶奶为报恩将双儿终生交托给韦小宝,双儿伤心告别庄家三少奶奶,跟随韦小宝前往五台山,做了韦小宝的护使。
韦小宝夜潜顺治的山洞内,说服顺治暂时躲避喇嘛,却被玉林赶来阻止。巴颜又率喇嘛折返清凉寺,幸少林寺四大金刚及十八罗汉赶至,将他们击退。顺治交给韦小宝一本四十二章经,着其转交康熙